半条命2第二章是以2006年发布的半条命2第一章的后续作品,游戏的主体剧情紧随上一部作品。游戏的故事发生在联合军的首都17号城市,这次另一道传送门的风暴开启竟会在以引领地球走向灭亡,而主角手中获得了这次传送门的资料并要及时的将资料送往一处秘密的科学家藏匿地寻找办法关闭这次传送门。如果这次的传送门再次开启将不会是像第一步中的7小时征服地球,人类将连7分钟也撑不过去了。随着游戏进行,玩家会见到许许多多的老面孔,包括谜一般的人物G-Man在半条命2第一章中,由于外星人弗地冈的介入使得戈登得以脱离G-Man的控制,但G-Man会在半条命2第二章许多事件中扮演重要的角色,第二章中也有其他新的角色登场。游戏内甚至还有全新的车辆。